Серий: 12 · с 11 апреля 2014
Тысячу лет назад неизвестная раса Гауна уничтожила Солнечную систему. Эти гигантские, практически неуязвимые существа не обладали разумом. Выжившие земляне покинули Солнечную систему на космических кораблях «Сидония», благодаря чему человеческий род был спасён. В своих странствиях по космосу, спасаясь от преследования инопланетных существ, люди научились создавать пилотируемые механизмы для собственной защиты. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ прошла в одиночестве на космическом корабле. После того как его обнаружили, стало ясно, что он обладает талантом управлять боевыми механизмами. Он начал учиться пилотированию и теперь вместе с коллегами-пилотами ведёт тяжёлую и опасную войну против Гауна, сражаясь за выживание человечества.
Нагатэ, всю жизнь проживший в изоляции, вынужден приспосабливаться к жизни в многовековой космической колонии, одновременно обучаясь на пилота-кадета для борьбы с древней угрозой.
Нагатэ преследуют воспоминания о его первом боевом опыте против Гауны. Позже он знакомится с элитными пилотами Сидонии.
Исследуя Сидонию, Нагатэ наживает себе врага в лице Кунато, защищая при этом друга. Гауна атакуют, заставляя пилотов начать боевые действия.
После катастрофы на борту Сидонии Нагатэ и его команда получают приказ достать ценное оружие. Впоследствии он нарушает приказ, чтобы спасти друга.
У Нагатэ и Сидзуки, дрейфующих в космосе, постепенно заканчиваются припасы, и они ожидают спасения от улетающей Сидонии, которая находится слишком далеко, чтобы прислать помощь.
Нагатэ и его отряд получают квалификацию пилотов и вскоре отправляются в бой, когда враг возвращается; Кунато изучает историю Нагатэ.
Враг оказывается еще крупнее и смертоноснее, чем считалось ранее, в результате чего три отряда вступают в смертельную схватку.
Нагатэ винят в поражении, и он испытывает чувство вины из-за потери; раскрываются ранние годы Сидонии.
Гауна находят ужасающий способ деморализовать и перебить атакующие войска. Нагатэ возвращается в Сидонию с трофеем, который может помочь в этом сражении.
Пацифисты подвергают себя опасности, покидая относительно безопасную Сидонию, в то время как враг появляется больше и свирепее, чем раньше.
Большая ударная группа сталкивается с вражеским подразделением, которое застает их врасплох; Нагатэ делает все возможное, чтобы защитить своих друзей.
Нагатэ вступает в одиночный бой с сердцем врага, в то время как ударная группа терпит неудачу в атаке на Гауна.